元朝之所以最终失败，原因之一就是制度的严重腐败。自从忽必烈称帝以来，中央集权的体制虽然在一定程度上巩固了国家统治，但同时也滋生了一种官僚体系，这个体系对外部威胁相对封闭，对内部问题却极为迟缓和无能。地方上的藩王、蒙古贵族以及其他有实力的家族掌握着大量的兵力和财富，他们之间形成了一个复杂的利益联盟，与中央政府往往处于对立状态。
元朝政府不仅在制度上存在问题，还存在严重的人事 appointments 问题。皇帝对于高级职位的任命往往基于个人关系或是宦官们的心意，而非根据人才或者能力。在这种情况下，不但产生了大量不称职的大臣，而且更常见的是大臣之间争斗激烈，导致决策失误和政策执行不到位。
对于边疆地区尤其是西域诸国，元朝采取的是一种兼并政策，即通过婚姻联姻来控制这些地区。这一策略起初取得了一定的效果，但是随着时间推移，这些西域诸国逐渐感觉到了自己被异族统治带来的压迫感，加之元朝内忧外患，使得这些地区不断发生叛乱，最终导致元军疲惫不堪。
元朝经济方面也有着明显的问题，如农业生产受到自然灾害影响而减少，同时手工业也因为缺乏有效管理而无法发挥潜力。此外，由于长期战争消耗巨大，以及税收负担过重，大量农民逃离土地，从而加剧了社会动荡。
最后，在文化上，尽管元代出现了一批杰出的学者如马海德、杨维桢等，但由于政治环境恶劣，学术研究受到了限制。而且由于汉人地位较低，被排斥于行政层次之外，这使得他们不能充分发挥自己的智慧去改善国家机制。
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