王小波曾经评价这本书为“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说是中国封建王朝发展的一个转折点。这个时间节点上，虽然没有任何显著的事件发生，但它却标志着明朝进入了一个重要的历史阶段。在过去关于明史的叙述中，我们常常听到“税重民穷”的描述，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因并不在于国家过度征税，而在于法律体系和政府能力的不足。中国两千年的历史中，以道德取代法制的情况到了明代达到了顶峰，而黄仁宇写作《万历十五年》的目的，就是为了阐述这一观点。
在万历年间，有许多重臣，如张居正、戚继光、申时行和海瑞，他们都以悲剧收场。这一群人各有所长，却无法改变体制内固有的惯性。他们每个人都试图进行改革，但最终失败，只能遭遇革职或入狱等命运。这一切显示出强大体制下的悲哀，以及文官集团对国家发展产生阻碍作用。
这些文官们为了维护自己的集团利益，使得国家武备、科技创新以及商业发展都陷入停滞。而文官与宦官之间的斗争，更是加速了大明王朝衰败的步伐。
看似平淡无奇的一般，在《万历十五年》中其实隐藏着许多容易被忽视的小事，这些小事看似微不足道，但它们往往是历史重大事件背后的关键，它们之间错综复杂的情感因果关系，是历史学家探索重点所在。在这部作品中，通过对几个关键人物的描绘，我们可以窥见这个末日帝国内部的人物悲剧和命运挣扎，最终如何因为历史而被遗忘。
尽管黄仁宇在《万历十五年》中已经深刻地批判了以道德替代法律的问题——即使依靠意识形态作为统治手段，也不能取代技术，更不能替代法律。他认为，明朝特有的特征就在于这种意识形态化帝国，其中意识形态渗透到整个帝国，每个方面，从强度到广度，都达到前所未有的水平。
从那一年开始，无论是在文化还是政治领域，中国与西方之间的差距逐渐拉开。在西方，一系列新兴力量正在崛起，而东方的大帝国则开始走向衰落。
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