明宣宗在位时期，试图清除军中的现象，以大力建立文官统治。在历次征战中，贪污的军官只动员穷人而向富人出售免征券，在征用物资时，向黎民百姓过分勒索。他们非法地使用士兵作为自己的私人奴仆，侵吞他们的军饷和口粮，扣发他们的冬装。这样的非法勒索和苛刻待遇败坏了士兵的士气，助长了开小差现象，进而破坏了整个军事组织和严重地降低了部队的战斗力。
为了清除这些弊病和恢复军事组织的纪律，明宣宗从宣德元年（1426年）到三年（1428年）派出一批批的监察官员去视察和改进各省的军事状况。这些调查的一个目的是清查兵员花名册，以确定各军事单位实际的士等兵人数和所需的军饷和口粮，从而清除贪污的主要根源。这类使命称之为清军，从此成了御史们的正常任务。另外，朱瞻基在宣德三年（1428年）颁布了关于征兵和扣押逃兵的新规定，条款从8条增至19条；宣德四年（1429年）十月，他又增加了旨在清除营私舞弊的条款22条。
尽管这样关注，军事组织继续受到管理不当、士气下降和缺乏战斗力等问题的损害。根本的原因似乎是军屯未能给部队提供粮食以及世袭的军事制度中存在种种不正常的现象（对中国社会来说）。军队不再像在明成祖时代那样经常征战，战斗经验很少。明宣宗老是对犯罪军官宽大处理，这是促成以上通病的一个因素。
