1368年，南京应天府建立了最后一个汉族大一统王朝明朝，朱元璋从江南向北扩张，最终把蒙古大汗政权驱逐出北京，统治了中原大地一个世纪。明朝水军力量同样强大，在之后三百多年的时间里，纵横东亚水域无敌。
朱元璋在鄱阳湖大战中奠定了全国第一的实力，明朝水师也在之后的战争中发挥了巨大作用，无论是支援北上大都的陆军作战，还是剿灭江南的张士诚和方国珍集团，再到击败割据福建的陈有定、攻下广州，最后是配合陆军水陆并进消灭四川的大夏政权。强大的明朝水师功不可没，以至于明朝规定：沿海每百户所及巡检司各配备2艘战船，执行海上巡逻任务。
明朝一统华夏后又经历了一系列的马航外交，通过其强大的海上实力巩固了自己在东亚的霸主地位。无论是当时的东亚海盗还是后来的倭寇船队，都无法和明朝水师匹敌。明朝水师的光辉战绩不仅彰显了其强盛实力，更昭示着一个大国的诞生和崛起。
明成祖朱棣继位后，为了提高中国的威望和在海外地区归附，加强与海外各国经济文化友好关系，派出了郑和率领的西洋船队。明朝水师惊人的规模和战斗力使其在全球范围内备受震动。当时，明朝的造船厂设在江苏、福建、湖广、浙江等地，其中太仓和南京的宝船是主力。
郑和下西洋以江苏太仓和南京为母港，从太仓、崇明出发，航行至福建福州闽江口五虎门，再扬帆出洋。每次出洋除了宝船，还有200多艘或数百艘的船舰，包括马船、粮船、坐船和战船等。船队中驾驶宝船的舟师多数是具有数十年航海经验的闽、粤、浙沿海渔民，他们熟知自然规律，如潮势、季风和洋流。在亚非诸国的航行中，他们积累了丰富的航海经验和科学知识，并编写了航海图和过洋牵星图。
郑和率领的船队规模堪称当时世界之最，包括率水手、官兵、翻译、采办、工匠、医生等共27800余人。
在1407年，郑和船队从西洋返航时，遭遇了印尼海盗陈祖义的袭击。陈祖义率众来袭时，郑和立即作了反偷袭的准备，用火攻烧毁敌方船只，最终一举歼灭海盗集团。在这次战斗中，陈祖义一伙5000余人被杀，被击沉的海盗船有10艘，7艘俘虏。
1411年7月，郑和船队第三次下西洋准备回国时，经过斯里兰卡的锡兰。锡兰王亚烈苦奈儿率领的5万士兵计划劫掠郑和船只，但他们根本无法攻克宝船队这支火力强大的船队，因为船上装备的碗口铳、火铳、火箭等火器都是锡兰人从没见过的先进武器。
当明朝水师遭遇斯里兰卡锡兰王亚烈苦奈儿的袭击时，郑和率领两千士兵冲向敌军后路，最终生擒了亚烈苦奈儿以及他的家属头目。回国后，郑和将俘虏献给了朝廷。
明朝水师强悍的战斗力给东南亚各国留下了深刻的印象。在印度著名港口古里，郑和率领的船队一直以神秘的东方大船传说的形象存在。这些至少四杆的大船载着威风凛凛的武士，执行的却是和平外交使命。当时在当地从事生意的威尼斯商人都对宝船队赞不绝口，他们留下的记载也让当时在航海方面相对不发达的欧洲人对中国有了初步了解。
十六世纪，随着欧洲大航海时代的开启，越来越多的西方殖民者开始涌向中国沿海进行非法活动。最先来到中国的是在印度等地取得大量殖民地的葡萄牙殖民者。明朝水师通过屯门岛海战和西草湾海战对其进行重创，葡萄牙殖民者对进一步侵略中国的念头被打消。随后，明朝水师发起突袭，摧毁了葡萄牙人占领的双屿岛基地，消灭了残留的势力。这一系列的胜利迫使葡萄牙人与中国通好，即使是使用澳门作为贸易据点，他们也遵守了中国的法律和条约。
在过去，即使是外国港口，也需要向中国方面缴纳租金。这种情况一直持续到鸦片战争后。
十七世纪，新兴的海上强国荷兰开始侵略中国沿海。当他们发现广东沿海防守严密后，他们转向福建沿海，在澎湖列岛驻扎。当他们被明朝水师击退后，他们又前往人烟较少的岛屿扎根，与当地居民不时发生冲突。当时的明朝财政紧张，因为辽东战争压力而无法增加海军力量，但仍然保持对荷兰的优势。在著名的料罗湾海战中，大明水师投入了超过150艘战舰和数万士兵，对抗荷兰人方面巴达维亚殖民总部派遣了最强大的武力。尽管明朝武器稍逊一筹，但他们仍然可以利用火船等策略击败荷兰人。结果是，荷兰人损失惨重。荷兰人不得不屈服于中国海商集团的实力，并向福建方面缴纳过路费。
几十年后，中国的海上强者只有金门和厦门两座小岛，由郑芝龙的儿子郑成功于压力下顽强抵御清朝军队的进攻。他仍然汇集了20000士兵，刚强地对抗着清朝军队。他在对抗中表现出极高的军事技能，展现出了中国海军在抵御外敌入侵方面的长久传统。
中国的海陆军力量汇聚，进攻了由荷兰人经营多年的岛屿殖民地。尽管岛上建有荷兰东印度公司精心建造的近代化棱堡防御体系，并有从巴达维亚增援的舰队，但郑成功克服了重重困难，将荷兰人的据点围困，最终迫使他们撤离，并且再也不敢进犯。正是这样强大的海军力量，在地区领土沦陷后，维持了明朝几十年之久。
在明朝历史上，最持久的水师作战就是对抗日本倭寇的战争。早在明朝初年，倭寇就开始在辽东沿海一带袭扰。为了应对这种情况，明朝水师一方面加强了巡逻防范，同时也运用当时最先进的武器技术营造防御系统，于是历史上第一个海防炮台就由明军建造完成。这些沿海堡垒军寨都配备了先进的武器，如火铳等，非常有效地阻击了倭寇登陆偷袭。
到了明朝中期，更多的日本战国时期的倭寇进入中国沿海，并逐渐南移到浙江和福建。此时倭寇力量逐渐增强，不仅能够袭扰沿海地区，还能组织小规模的入侵。明朝水师充分利用地理优势，在沿海地区布置炮台、设防，保卫海疆以及遏制倭寇。海事安全得到保证，明朝海上贸易得以发展，维护了国家长治久安。
明朝时期，倭寇侵袭活动较为猖獗，不仅在沿海地带作乱，还进入内陆。知名将领戚继光率领军队横扫倭寇的同时，明朝也对水师船队进行重组，并建造可容纳100人的大福船。这种船舰体型庞大，配备了可俯射的佛郎机，并能在遇到倭寇时直接摧毁对方小船。明朝借助这样出色的战船迅速将倭寇从江浙沿海驱逐。
然而，明朝水师与日本倭寇的战争并未就此结束。在完成暂时统一的日本后，日本侵略其属国朝鲜，生出对明朝的不利影响。在最后的露梁水域，明朝水师截住了逃脱的日本舰队。虽然在战斗中丧失了主将邓子龙、李舜臣等将领，但明朝和朝鲜的联合舰队严密把守，拦截了600多艘战舰和1.5万名日军，仅以500人死伤的轻微代价，击沉了200艘日军舰船，并缴获了另外100艘。遗憾的是，明朝灭亡后，人们忽视了海战，最终导致近代鸦片战争的悲剧。
